新疆申请食品经营许可证的流程如下：

准备申请材料新疆维吾尔自治区市场监督管理局 知识产权局：

登记申请书。

申请人身份证明（能够实现网上核验的无需提供）。

营业执照（能够实现网上核验的无需提供）。

设施设备清单（小餐饮店提供）。

告知承诺书（告知承诺方式办理的提供）。

从业人员健康证明（告知承诺方式办理的提供）。

网上申请精河县人民政府：申请人可登录新疆政务服务网或新疆市场监督管理局官网进行在线申请，填写相关信息并上传申请材料。也可以登录当地食品经营许可申报平台，如师阿拉尔市食品经营许可申报平台进行网上申报师阿拉尔市人民政府。

受理精河县人民政府：市场监督管理部门收到申请材料后，会对材料进行审查，一次性告知补正材料，依法受理或不予受理（不予受理应当告知理由）。

审核与现场核查新疆维吾尔自治区市场监督管理局 知识产权局：经办人员审核申请信息及申报材料，针对符合办理条件，申请材料齐全、符合法定形式的，予以审批办结。如需对申请材料实质内容进行核实的，会进行现场核查，现场核查通过后，发放《食品经营许可证》。

制证与发证精河县人民政府：准予许可的，市场监督管理部门会在法定时限内制发送达许可证，将许可决定及相应证书送达申请人。